Nuestra comuna tiene un clima templado lluvioso con influencia mediterránea, la temperatura media anual oscila entre los nueve y doce grados centígrados y en algunos sectores las precipitaciones superan los 1.800 mm.

La amplitud de la marea oscila entre 2,5 a 5,5 mts y su hidrografía está compuesta principalmente por el Estero de Queilén, que se extiende entre el borde norte de la Isla Tranqui y la costa Sur del territorio comunal. Uno de los atractivos naturales más significativos en términos hidrográficos en nuestra comuna son sus preciosas  lagunas vírgenes en los sectores de Pío-Pío y Tagüe — llamadas con el mismo nombre —, además de otras lagunas de menor tamaño.

Su vegetación corresponde al bosque siempre verde, cuya característica es la alta y constante humedad; bosque de coigüe de Chiloé; bosque de Tepa-Tenío. Además, se presentan las siguientes especies: canelo, luma, olivillo costero, arrayán y notro; y arbustos como el espino negro y rosa mosqueta.

El origen de los suelos de la comuna de Queilén corresponde a procesos de volcanismo y fundamentalmente de glaciación. En general son suelos que nos han permitido el cultivo de papas, ajos y distintas hortalizas, así como también el desarrollo de la ganadería.

El cono urbano de nuestra comuna está condicionado por una estructura de carácter ortogonal diferente al emplazamiento tradicional español. Ocupa la planicie litoral, cuenta de seis manzanas, orientadas en el eje del muelle. Básicamente está conformada por el eje de las avenidas La Paz y Pedro Aguirre Cerda.